Семипалатинский государственный университет имени Шакарима стал правоприемником Семипалатинского государственного университета "Семей", который был создан на базе объединения трех вузов (педагогического,  зооветеринарного и  технологического) Постановлением  Правительства  Республики Казахстан от 13.11.1995 г. и  приказом  Министерства  образования  Республики  Казахстан  №304  от 01.02.1995 г.

Постановлением Правительства Республики Казахстан от  22.09.99 г. за №1436 Семипалатинский  государственный  университет "Семей" был переименован в Семипалатинский  государственный  университет  имени  Шакарима. 

В феврале 2000 года на основании постановления Правительства Республики Казахстан от 14.02.2000 г. и приказа Министерства образования и науки Республики Казахстан № 129 от 15.02.2000 г. в состав СГУ имени Шакарима вошел  бывший  Семипалатинский  Государственный финансовый институт. 

В феврале  2004  года  на  основании постановления  Правительства  Республики Казахстан  от 03.02.2004  г. за № 128  и  приказа Министерства  образования  и  науки Республики  Казахстан №  182 от 04.03.2004 г. из  состава  СГУ им.  Шакарима  был  выделен  Семипалатинский  государственный  педагогический  институт.

Сегодня университет является крупнейшим многопрофильным вузом Республики. По результатам оценки образовательной деятельности вузов Республики Казахстан, проведенной Национальным аккредитационным центром Министерства образования и науки РК, в2008г. Семипалатинский государственный университет имени Шакаримав рейтинге многопрофильных вузов страны занимает 10место, имеет государственную лицензию № 000004, успешно прошел государственную аттестацию.

СГУ имени Шакарима разработал, внедрил и сертифицировал Систему Менеджмента Качества. Международный сертификат соответствия системы менеджмента качества университета требованиям стандарта ISO9001-2000 выдан швейцарской компании «SGS», входящей в мировую систему качества IQNet.

По результатам деятельности университет отмечен наградами Министерства образования и науки Республики Казахстан, республиканских и международных организаций: Международного фонда (Швейцария, г. Женева), Казахстанского конкурса на лучшую систему управления, Советом Международной Программы продвижения глобального качества, Советом международной программы «Золотой слиток».СГУ им. Шакарима награжден дипломом Министра образования и науки РК на 2-й и 3-й Казахстанской международной выставке «Образование и наука 21 века», г. Астана 2005, 2006 гг.

СГУ имени Шакарима - победитель Казахстанского конкурса на лучшую систему управления «В XXIвек со всеобщим качеством» в номинациях  «Лучшая система управления 2005 года» и «Лучший топ-менеджер»".

В 2005 году университет стал победителем конкурса на соискание премии Акима Восточно-Казахстанской области «За достижения в области качества».

Правление Международного фонда (Швейцария, г. Женева) за 2005г. наградило СГУ им. Шакарима Золотой медалью «За высокое качество деловой практики».

СГУ имени Шакарима удостоен Знака Почета «Лидер Национальной Экономики» 2006, 2007 гг. (Россия, Москва).

За участие в конкурсе на соискание премии Президента Республики Казахстан «За достижения в области качества»университету была объявлена благодарность от администрации Президента Республики Казахстан в 2007и 2008 годах.

В 2008 году на IVмеждународной ассамблее качества университет награжден «Золотым Сертификатом Качества».

Всентябре2009 года СГУ имени Шакарима в числе 12 вузов Казахстана подписал Великую хартию университетов. Церемония подписания Великой хартии университетов прошла в Италии город Болонья.

По результатам деятельности в 2009 г. университет отмечен следующими наградами:

• Диплом за вклад  в развитие качества образовательных программ на VIКазахстанской международной выставке «Образование и наука XXIвека» (Астана);
• Благодарность за активное участие в конкурсе на Премию Президента Республики Казахстан «Алтын сапа».

Университет заключил договора о сотрудничестве с 20 зарубежными вузами и образовательными учреждениями.

В апреле 2009 года университет заключил соглашение с Новосибирским государственным техническим университетом об участии в проекте TEMPUSIV: «Запад – Восток – Россия: Информационная область высшего образования», способствующее интеграции в общее образовательное пространство на основе внедрения принципов Болонского процесса. Руководитель проекта – первый проректор университета Молдажанова А.А.

Заключено соглашение с ООО «Современная Бизнес-Академия НОВА» по подготовке специалистов по 6 образовательным программам экономического направленияпо программе двудипломного образования.

По результатам ежегодного конкурса на получение грантов по выполнению НИР учеными университета выиграно 2 гранта (профессор Какимов А.К. и доцент Яшкарова М.Г.) всего насумму 9,3 млн. тенге. Общая сумма заключенных договоров на 2009 год составляет 13,5 млн. тенге.

В университете в течение2009года проведено 4 научно-практических конференций международного и республиканского уровня по актуальным проблемам развития науки с участием ученых из Китая, Японии, Монголии, России и других стран.

В Караганде на базе Карагандинского государственного технического университета 26 – 27 февраля 2009 года прошла олимпиада среди технических ВУЗов Республики Казахстан по техническим специальностям. Сборная команда СГУ им. Шакарима заняла 2-ое место.

В апреле 2009 года студенты инженерно-технологического факультета принимали участие в IV  Казахстанской студенческой олимпиаде «КОМПАС-3D» в городе Астане, где заняли 1 место.

В апреле 2009 года студенты факультета приняли участиев международной олимпиаде по теоретической механике в городе Гомель (Беларусь) в Белорусском государственном университете транспорта. В олимпиаде участвовали 30 вузов из 5 государств (Россия, Беларусь, Украина, Казахстан и Польша). Команда студентов СГУ имени Шакаримазаняла 13-ое командное место, а в личном зачете 25, 29 и 30 места из 115 участников. Команда университета награждена дипломом за высокие результаты, показанные при решении задач олимпиады.По результатам работы в 2009 г. сотрудники университета награждены:

Нагрудным знаком «За заслуги в развитии науки Республики Казахстан»:

• первый проректор Молдажанова А.А.
• зав. кафедрой истории и права Атантаева Б.Ж.
• зав. кафедрой казахской филологии Сеитова Ш.Б.

Нагрудным знаком «Почетный работник образования Республики Казахстан»:

• зав. кафедрой иностранной филологии Исмаилова Г.К.
• зав. кафедрой высшей математики Мустафаев А.П.
• доцент кафедры ТММ и ПП Туменова Г.Т.
• доцент кафедры МАПП Касенов А.Л.
• и.о.профессора кафедры экологии и ЗОС Жумадина Ш.М.
• Почетной грамотой МОН РК:
• зам.декана аграрного факультета Тугамбаева С.М.
• и.о. зав. кафедрой ТММиПП Гаптар С.Л.

Медалью Шакарима:

• зав. кафедрой физики и электротехники Паримбеков З.О.
• профессор кафедры ТМ и М Темиртасов О.

Более 150 сотрудников университета отмечены благодарностью ректора.

Кроме того, директор центра социального мониторинга и прогнозирования СГУ им. Шакарима, к.и.н., доцент Коновалов А.П. награжден Дипломом за участие в республиканской ярмарке социальных идей и проектов (тема проекта: «Развитие условий соблюдения прав детей  и подростков на территории ВКО»).

Студенты СГУ имени Шакарима принимают активное участие в общественной жизни города, области и Республики.

Так, на Республиканском конкурсе «Жас Канат» (г. Астана) студентка  4 курса гуманитарного факультета Омарова А. завоевала приз «Золотое крыло Жас Канат - 2009».

В городском конкурсе «Мисс города Семей» студентка  3 курса  гуманитарного факультета Талгатова И. завоевала титул «Мисс города - 2009».

«Студенческие строительные отряды» и «Жасыл Ел» университета признаны в номинации «Лучший набор бойцов ССО и Жасыл Ел», «Лучший отряд по ВКО», «Самый большой отряд по ВКО» среди высших учебных заведений ВКО. Университет награжден  дипломами Акима ВКО Сапарбаева Б.

Студенческая команда КВН «Достар»:

• заняла первое место в Республиканской региональной лиге «Шығыс»;
• стала чемпионом Республиканской центральной лиги «Ертіс бойы» и тем самым выиграла путевку на высшую лигу КВН в г. Астана.

Студенческая команда КВН «Альянс»:

• заняла второе место в Республиканской региональной лиге «Шығыс»;
• второе место в городском турнире КВН.

В ноябре 2009 г. молодежное крыло «Жас Отан» СГУ имени Шакарима проводил турнир по футболу на кубок ректора СГУ имени Шакарима между студенческими организациями университета (1-ое место КВН; 2-ое место ССО; 3-е место дебатный клуб «Конгресс»).

Студенты СГУ имени Шакарима приняли участие в работе форума молодежи Казахстана «Мы ровесники независимости! Наша родина – Казахстан!» и были награждены благодарственными письмами и сертификатами Министра образования и науки Республики Казахстан Ж.К. Туймебаева.

Кроме того, студенты СГУ имени Шакарима являются победителями и призерами различных международных и республиканских спортивных соревнований.